Bij Van Beek werden tijdens een dopingtest na een marathonwedstrijd in 2016 sporen van synthetische epo (rh-EPO) in zijn urine aangetroffen. Nadat ook de B-staal positief bleek te zijn, kreeg de schaatser een voorlopige schorsing opgelegd. Het kostte Van Beek zijn kersverse contract bij de ploeg van LottoNL-Jumbo, ook al beweerde hij zelf geen doping te hebben gebruikt.
Op 21 april 2017 besloot de Tuchtcommissie van de KNSB, hoofdzakelijk op formele gronden, om Van Beek vrij te spreken. De voorlopige maatregel bleef van kracht. Zowel de Dopingautoriteit als de KNSB ging tegen deze uitspraak in beroep. Op 25 mei heeft de Commissie van Beroep vonnis gewezen. Het beroep werd gegrond verklaard en de schaatser kreeg een schorsing van vier jaar opgelegd. Omdat zijn voorlopige straf al in 2016 was ingegaan, zal die schorsing aflopen op 11 februari 2020.
Van Beek noemt tegenover de NOS de beslissing onbegrijpelijk: "Ik maak mij door dit alles oprecht zorgen over de rechtspositie van sporters die geconfronteerd worden met een positieve test en als gevolg van de huidige dopingregelgeving geen kans krijgen om zich op een fatsoenlijke manier te verweren." Volgens zijn advocaat overweegt de Stompwijker zijn verzet door te zetten en sluit een gang naar de burgerrechter of het sporttribunaal CAS niet uit.